Carlos Yepes nace en la ciudad de Medellín el 27 de junio de 1964.
Estudió Derecho en la Universidad de Medellín y se graduó como abogado junto con su madre, con quien estudió la carrera profesional. Sin embargo, en 1986, surgió el llamado a su vocación sacerdotal con ocasión de la visita apostólica del papa Juan Pablo II a Colombia. Recibió la ordenación sacerdotal en 1993 y posteriormente realizó una maestría en teología Bíblica.
Su labor sacerdotal ha estado vinculada a la Arquidiócesis de Medellín- Colombia y enfocada en varios frentes de la vida parroquial entre las que se destacan las iglesias: El Salvador, Nuestra Señora del Camino, San Esteban Protomártir, Nuestra Señora de la Asunción, Sagrado Corazón de Jesús y San Juan Bautista de la Salle. Además, acompañó las capellanías de entidades públicas departamental y municipal entre 2001 y 2015.